Το λεπτό έντερο αποτελείται από το δωδεκαδάκτυλο, τη νήστιδα και τον ειλεό. Μαζί με τον οισοφάγο, το παχύ έντερο και το στομάχι, σχηματίζει τη γαστρεντερική οδό. Στους ζωντανούς ανθρώπους, μόνο το λεπτό έντερο έχει μήκος περίπου 6 έως 7 μέτρα. Μετά το θάνατο, αυτό το μήκος μπορεί να αυξηθεί έως και το μισό. Έχει επιφάνεια άνω των 200 μέτρων.
Τα εσωτερικά τοιχώματα του λεπτού εντέρου καλύπτονται σε ιστό που μοιάζει με δάχτυλο που ονομάζεται βίλα. Κάθε ένα από αυτά τα βίλια καλύπτεται σε ακόμη μικρότερες δομές που μοιάζουν με δάχτυλα που ονομάζονται microvilli. Αυτές οι βίλες και οι μικροβίλες αυξάνουν την επιφάνεια που διατίθεται για την απορρόφηση των θρεπτικών συστατικών.
Στο λεπτό έντερο η τροφή που έχει ήδη διαλυθεί με μάσημα και τα ένζυμα του στομάχου υποβαθμίζεται περαιτέρω από επιπλέον ένζυμα. Ορισμένες από αυτές τις χημικές ουσίες εκκρίνονται στον αυλό (η κοίλη περιοχή στο μέσο του εντέρου), αλλά άλλες μεταφέρονται στο έντερο από άλλα όργανα όπως το πάγκρεας και το ήπαρ. Ο τόπος απορρόφησης εξαρτάται από τον τύπο της θρεπτικής ουσίας ή της βιταμίνης που απορροφάται.
Μόλις μειωθούν πλήρως σε χημικό επίπεδο, τα μόρια που πρόκειται να απορροφηθούν περνούν από τα τοιχώματα του εντέρου στην κυκλοφορία του αίματος. Η περισταλτικότητα, η συστολή των μυϊκών τοιχωμάτων, είναι η δύναμη που ωθεί την ύλη μέσω του λεπτού εντέρου. Είναι μια αργή διαδικασία, επιτρέποντας στην τροφή να αναμιχθεί με τους πεπτικούς χυμούς.
