Η τρίτη κοιλία είναι μία από τις τέσσερις κοιλίες στον εγκέφαλο που επικοινωνούν μεταξύ τους. Όπως και με τις άλλες κοιλίες του εγκεφάλου, είναι γεμάτο με εγκεφαλονωτιαίο υγρό, το οποίο βοηθά στην προστασία του εγκεφάλου από τραυματισμό και μεταφέρει θρεπτικά συστατικά και απόβλητα. Η τρίτη κοιλία είναι μια στενή κοιλότητα που βρίσκεται μεταξύ των δύο μισών του εγκεφάλου.
Η τρίτη κοιλία στέλνει μηνύματα και λαμβάνει μηνύματα από τις πλευρικές κοιλίες, οι οποίες βρίσκονται μπροστά από την τρίτη κοιλία, και το υδραγωγείο του μεσαίου εγκεφάλου, που βρίσκεται ακριβώς πίσω από την τρίτη κοιλία. Ο υποθάλαμος και ο θαλάμος βρίσκονται στις πλευρές της τρίτης κοιλίας.
Οι ανωμαλίες της τρίτης κοιλίας σχετίζονται με διάφορες καταστάσεις όπως η υδροκεφαλία, η μηνιγγίτιδα και η κοιλία. Το Hydrocephalus είναι μια υπερβολική συσσώρευση υγρών στον εγκέφαλο. Η μηνιγγίτιδα είναι φλεγμονή των μεμβρανών που καλύπτουν τον εγκέφαλο και τον νωτιαίο μυελό, ενώ η κοιλία είναι μια φλεγμονώδης κατάσταση των κοιλιών. Η μηνιγγίτιδα και η κοιλία μπορεί να προκληθούν και τα δύο από τραύμα σε μια κοιλία, συμπεριλαμβανομένης της τρίτης κοιλίας, αν και η τραυματική μηνιγγίτιδα είναι σπάνια.
Μια διευρυμένη τρίτη κοιλία έχει συσχετιστεί με ψυχιατρικές ασθένειες όπως η σχιζοφρένεια. Ωστόσο, η ακρίβεια αυτής της θεωρίας δεν έχει αποδειχθεί οριστικά.